調查組對百度公司提出了以下整改要求：
一、立即全面清理整頓醫療類等事關人民群眾生命健康安全的商業推廣服務。即日起，對醫療、藥品、保健品等相關商業推廣活動，進行全面清理整頓，對違規信息一經發現立即下線，對未獲得主管部門批準資質的醫療機構不得進行商業推廣。
二、改變競價排名機制，不能僅以給錢多少作為排位標準。立即調整相關技術系統，在2016年5月31日前，提出以信譽度為主要權重的排名算法并落實到位；對商業推廣信息逐條加注醒目標識，并予以風險提示；嚴格限制商業推廣信息比例，每頁面不得超過30%。
三、建立完善先行賠付等網民權益保障機制。暢通網民監督舉報渠道，提高對網民舉報的受理、處置效率；對違法違規信息及侵害網民權益行為，一經發現立即終止服務；建立完善相關機制，對網民因受商業推廣信息誤導而造成的損失予以先行賠付。
搜索引擎是網民獲取信息的重要渠道，具有很強的引導作用。國家網信辦將于近期在全國開展搜索服務專項治理，加快出臺《互聯網信息搜索服務管理規定》，促進搜索服務管理的法治化、規范化；會同相關部門嚴厲打擊網上傳播醫療、藥品、保健品等事關人民群眾生命健康安全的虛假信息、虛假廣告等違法違規行為。國家工商總局將加快出臺《互聯網廣告管理暫行辦法》，進一步規范互聯網廣告市場秩序。
“魏則西事件”中涉及相關醫療機構的調查結果，由相關主管部門另行公布。